Ústav pro studium totalitních režimů rozhodně nepřipomíná poklidné vědecké pracoviště. Za působení předchozího ředitele Pavla Žáčka byl často kritizován pro nedostatečnou odbornost, silnou politizaci, neschopnost spolupráce s akademickou obcí a prosazování „jediné pravdy“.

Nastupující ředitel Jiří Pernes, jehož rada vybrala nejtěsnějším poměrem hlasů, zase vyvolal kontroverze krátce po svém zvolení, kdy vyšlo najevo, že studoval Večerní univerzitu marxismu-leninismu. V úvahu tak dokonce připadala varianta, že rada ústavu vypíše nové výběrové řízení.

Nejvýznamnější brněnský předlistopadový disident Jaroslav Šabata dnes ale připomněl občansky statečné postoje Jiřího Pernese v období normalizace. „Všechno, co se na něj nyní nalepovalo v souvislosti s jednou jedinou věcí, je nepřijatelné. Pernes je důstojnou postavou normalizace, a nikoli pokřivenou oportunistickou figurou. A jestli bych mu něco vytkl, pak to, že svou důstojnost nebrání energičtěji,“ podotýká ke sporu o nového ředitele ÚSTR Šabata.

Celý konflikt vyvrcholil v úterý, kdy předsedkyně rady a předsedkyně Konfederace politických vězňů Naděžda Kavalírová odmítla Pernesův jmenovací dekret podepsat. Neobvyklý postup Kavalírové vyvolal na úterním zasedání rady kontroverze. „Chápu, že pro ni nějaké rozhodnutí rady může být nepřijatelné a odmítne ho stvrdit podpisem. V takovém případě ovšem musí následovat její rezignace,“ řekla Deníku Referendum členka rady Petruška Šustrová.